Ответы справочной службы
Большинство словарей рекомендует ставить ударение на первый слог. Однако, по-видимому, норма меняется. В «Грамматическом словаре» А. А. Зализняка (М., 2008) уже допускается оба варианта, а в «Словаре трудностей русского языка для работников СМИ» М. А. Штудинера (М., 2016) вариант с ударением на втором слоге дан как предпочтительный.
Да, это название склоняется: церковь в Кижах.
Возможны варианты, но предпочтительнее ставить ударение на первый слог: именно так говорят в Карелии, именно такой вариант рекомендуют словари для работников эфира.