Верно написание с большой буквы.

Знаком тире отделяется приложение. Тире ставится вместо запятой в том случае, если приложение находится в конце предложения и подчеркивается его самостоятельность или перед приложением можно вставить а именно.  

Верно: Московское море.

Предпочтительно: в глубь водохранилища (в значении "в глубину"). Используется существительное глубь, поскольку водохранилище действительно имеет глубину (ср.: распространиться вглубь и вширь).

В Москве - Икшинская ул.

В сочетании с географическим термином река названия рек женского рода обычно склоняются: в бассейне реки Плисы.

Слово озера – обобщающее для ряда Верхит, Стерж, Вселуг, Пено и Волго.

Правильно: сброс воды из водохранилища. Предлог из указывает на место, из которого извлекается вода. В текстах специалистов, описывающих гидрологические мероприятия, используется именно это выражение.

К сожалению, такая запутанная логика губительна для правописания. Можно руководствоваться формальным правилом: если после слов "в глубь" есть зависимые слова, то почти всегда предпочтительным будет раздельное написание.

Корректно: Волчьи Ворота, ср. пролив Золотые Ворота, площадь Красные Ворота.