Это разные значения, и они приведены в словарях. Например, в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова у сочетания иметь в виду зафиксированы три значения: 1) подразумевать кого-либо, что-либо, 2) принимать во внимание, учитывать, 3) иметь намерение.

Названия произведений могут быть самыми разными по грамматическим особенностям. Следовательно, если автор лаконичен и обходится без определяющего слова (апеллятива), то числовую дилемму ему придется решать самостоятельно. Несомненно, самый простой выход — учитывать (держать в уме) определяющее слово и использовать сказуемое в той числовой форме, какую подсказывает определяющее слово. Но есть названия произведений, без синтаксических затруднений соединяющиеся с теми или иными сказуемыми, как в форме единственного, так и в форме множественного числа. Здесь автору надо не терять бдительности и проверять, не оказалось ли предложение двусмысленным (случай «Мастера и Маргариты») или непонятным.

Корректная пунктуация: Он прикинул что-то в уме, дал волю фантазии и, как только наткнулся на целый ряд изменений, который потребовался бы в нем для воплощения данных мечтаний, как и всегда раньше, пришел к некоему умозаключению: "Нет, этому не бывать".

Запятая не нужна. Здесь нет сравниваемых понятий.

Кавычки не нужны: сочетание про себя  в знач. 'тихо, еле слышно' и 'не в слух, в уме, мысленно' зафиксировано словарями русского языка (т. е. такое употребление не является необычным, непривычным).