Эти слова могут употребляться как синонимы. Разница такова: намокнуть - стать мокрым; промокнуть - стать мокрым насквозь, изнутри; вымокнуть - стать мокрым целиком.

Глагол несовершенного вида: промокать. Промокнуть салфеткой – промокать салфеткой.

Корень мак- содержится в глаголах, имеющих значение 'погружать в жидкость': макать сухарь в чай, обмакнуть перо в чернила. Корень мок- содержится в глаголах со значением 'пропускать жидкость, впитывать жидкость': вымокнуть под дождем, промокнуть написанное. Правило распространяется и на производные слова, ср.: макание, но промокательная бумага, промокашка.

Толковый словарь русского языка под ред. Д. Н. Ушакова вышел в свет в 1935–1940, а действующие правила правописания утверждены в 1956 году. Поэтому словарь Ушакова не может служить справочником по орфографии современного русского языка.