Ответы справочной службы
Первая часть сложных слов аква- восходит к латинскому aqua 'вода' и обозначает отнесенность чего-либо к воде, морю: акваланг, акванавт.
Первая часть сложных слов гидро- восходит к греческому слову hydor, которое тоже означает 'вода' (т. е. aqua – фактически перевод на латынь греческого hydor). Но этот компонент обозначает не только связь чего-либо с водой (гидровелосипед, гидрокостюм), но и использование воды, энергии воды для каких-либо целей (гидроочистка, гидросооружение).
Справочники
§ 65. При соединении основ двух и более слов в одно сложное слово, а также при образовании сложных слов с составными частями интернационального характера используется соединительный гласный, передаваемый на письме буквами о и е. Соединительный гласный передается на письме после твердых парных согласных буквой о, а после мягких парных согласных, шипящих, ц и [j] — буквой е, напр.
...Безударные соединительные гласные...
...В конце первых частей сложных слов пишутся также: буквы а и и — в некоторых рядах сложных слов с первыми частями интернационального характера: авиа- (авиабаза, авианосец, авианесущий), аква- (акванавт, акватехника), мега (мегатонна, мегаватт, мегапроект), медиа- (медиакомпания, медиахолдинг...