Правильно: Ямской приказ.
Ударения указаны правильно. Почему именно так? В русском языке ударение подвижное, поэтому оказывается возможным такой сдвиг, как ЗвенИгород - ЗвенигорОдский, Ям - ямскОй.
Первое слово официального названия пишется с большой буквы: Министерство образования Омской области, Минздрав Омской области. Но: областной минздрав.