Инициалы обычно ставятся перед фамилией, исключение составляют лишь алфавитные списки и библиографии. Верно: поручение В. В. Путина.
Запятая не нужна.
Обособление слов Владимира Путина не требуется.
Запятая перед чтобы необходима, а во избежание двусмысленности можно перестроить предложение.