Первый вариант предпочтителен: он позволяет избежать омонимии между личным и притяжательным местоимением "их".
Запятая не нужна: в школе так в школе.
Названия учреждений следует писать с маленькой буквы во всех перечисленных случаях. Варианты во второй школе, в тридцатой поликлинике встречаются в разговорной речи.
Верно: В школе 21 учитель.
Оба варианта корректны.
Конкретизируйте, пожалуйста, Ваш вопрос.