Действительно, второй вариант является наиболее употребительным в документации. Кавычки уместны и когда шифр отсутствует: направление подготовки "Ветеринарно-санитарная экспертиза".
Принятое написание: специальность 10.02.01 "Русский язык".
Ударение на окончание в этих словах не переходит. Правильно: пароли, шифры.
Корректное оформление будет следующим: Опорный конспект предназначен для студентов, обучающихся по специальности 11.05.02 "Специальные радиотехнические системы".