Гласная е — непроверяемая. Написание этого слова устанавливается по словарю. Иногда прилагательное шероховатый ошибочно проверяют существительным шорох, но эти слова в современном русском языке не являются однокоренными, ср.: шорох — звук, шероховатый — о поверхности чего-либо.
Корректно: среднешероховатый.