В этих случаях сочетание начиная с потеряло глагольное значение и перешло в разряд предлогов, а потому обороты с ним не обособляются: Получаете призы начиная с пятой чашки кофе; Используете начиная с натуральной базы 3. Сравним: Начиная с пятой чашки кофе свой день, я готовился к худшему (слово начиная сохраняет глагольное значение и является деепричастием).
Не очевидно, что оба события (изменение отношения к питью из блюдца и изменение роли блюдца в чаепитии) произошли одновременно. Более логичным было бы считать, что между ними прошло некоторое время, поэтому запятую рекомендуется поставить.
В данном предложении знаки препинания расставлены верно.
Д. Э. Розенталь описал закономерность, в соответствии с которой запятая в приведенном Вами случае не ставится.
«При двух однородных членах предложения с повторяющимся союзом и запятая не ставится, если образуется тесное смысловое единство (обычно такие однородные члены не имеют при себе пояснительных слов): Кругом было и светло и зелено (Т.); Он носил и лето и зиму старую жокейскую кепку (Пауст.); Прибрежная полоса, пересечённая мысами, уходила и в ту и в другую сторону (Сем.); Он был и весел и печален в одно и то же время.
Такие смысловые единства образуются словами с ассоциативными (часто антонимическими) связями: и брат и сестра; и родители и дети; и отцу и матери; и с сыном и с дочерью; и друзья и враги; и слава и позор; и зрение и слух; и тело и душа; и глухой и немой; и море и горы; и музыка и пение; и стихи и проза; и любовь и ненависть; и радость и горе; и зимой и летом; и ножи и вилки; и блюдца и чашки; и он и она».
В приведенный ряд примеров вписывается и сочетание из Вашего предложения и вверху и внизу. Сочетание обособляется как пояснительный член предложения.
Падеж зависит прежде всего от рода имени существительного. С сущ. женского рода возможны обе формы.
Предпочтительно: не оставляйте чашки (пакеты), так как речь идет о конкретных предметах.
Лучше: две чашки кофе.
При прямом порядке слов (сказуемое следует за однородными подлежащими) обычно употребляется форма множественного числа сказуемого, при обратном порядке (сказуемое предшествует подлежащим) — форма единственного числа. Однако эти рекомендации не носят категорического характера.
Лучше: четверть или половину литра.
