Словарь показывает модель склонения для сочетания притяжательного прилагательного и существительного мужского рода (ср. Бабий Яр). Следовательно, первая часть топонима изменяется как притяжательное прилагательное мужского рода (так же, как прилагательное отцов), а вторая — как существительное мужского рода (так же, как существительное город): в Часовом Яре, под Часовым Яром.
Часовая стрелка — устойчивое сочетание для обозначения одной стрелки, указывающей часы, а не минуты. Поэтому в Вашем случае верно только: стрелки часов.
Правильно: в течение двух часов.
В названии склоняются обе части. Об этом можно узнать из словарей ресурса «Проверка слова».
Запятая нужна.
Правильно: в течение.
Оба варианта возможны.
Написание с пробелом предпочтительно, это удобнее для читателей.