Слово уже зафиксировано орфографистами в форме чиабатта (см. академический орфографический ресурс «Академос»). Написания чао и чиабатта обусловлены тем, как слова осваивались русским языком. Одни и те же буквосочетания языка-источника могут обретать разную звуковую и буквенную форму в языке, принимающем заимствование.
Все варианты правильные. В современном литературном языке в количественном (партитивном) значении род. п. в письменной речи преобладает форма на -а (чашка чая). Но в разговорной речи часто употребляется флексия -у, особенно в глагольных конструкциях со значением неполного объекта (хочу чаю, добавить сахару и т. п.). Винительный падеж (хочу чай) также возможен, т. к. речь идет о конкретном объекте.