Верно: Чарлз Дарвин.
Английское имя Charles может передаваться на русский язык и как Чарлз, и как Чарльз. Часто написание обусловлено традицией, например английский писатель Диккенс – Чарлз, а американский ученый Хайдер – Чарльз. Имя принца Уэльского принято писать с мягким знаком: Чарльз. К сожалению, в доступных нам словарях и энциклопедиях это имя также не зафиксировано.
Правильно: ...Чарльзом Дарвином.
Мужская фамилия Лерой склоняется как нарицательное существительное герой: нет Лероя.
Если фамилия сопровождается мужским и женским именем, то она обычно сохраняет форму ед. ч.: Чарльз и Френсис Хантер.
Лучше выбрать первый вариант: Остальных подростков зовут Лиам и Чарльз по прозвищу Пончик.
Запятая перед по прозвищу ставится или нет в зависимости от интонации. Дело в том, что приложение, присоединяемое словами по прозвищу, может выделяться запятыми, если нужно передать соответствующую интонацию. Если интонации обособления нет, запятая не нужна.