В «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указано, что топонимы в сочетании с географическим термином бухта обычно не склоняются. Исключение составляют случаи, когда топонимы выражены именами прилагательными: в бухте Котор, но в Сиднейской бухте.
Правильно: Марии. Слова женского рода на -ия в дательном и предложном падеже ед. числа имеют в безударном положении окончание -и: станции, армии, России, Марии.
Правильно: домОвый храм.
Оба варианта возможны, но предпочтительно использование формы ед. числа.
Громко кивнуть вряд ли получится, но можно что-то говорить и при этом кивнуть головой.
В храмовой архитектуре "главами" как раз и называются купола в форме луковицы. Поэтому сочетание "пятиглавые купола" лексически избыточно, некорректно.
Правильно: ро́довый сертификат.
Традиционно при описании движений головы в ситуации, когда человек выражает свое несогласие с чем-либо или с кем-либо, используют обороты с глаголом мотать: он отрицательно мотал головой, она опровергающе замотала головой.
