Корректно: Маленькая, плотная положительно заряженная структура в центре атома.
Можно поставить тире при пропуске слова.
В этом случае корень стир- (но, например, стирать надпись с доски - корень -тир).
Между частями сложного бессоюзного предложения лучше поставить тире, так как вторая часть противопоставляется по смыслу первой.
Такая формулировка неудачна. Непонятно, о "второй половине" какого века идет речь - 13-го или 14-го.
Склоняется. Правильно: 100-летию Акиры Куросавы.
После слова итого можно поставить тире, можно не ставить никакого знака.