Смысловая разница незначительная: антибактериальные салфетки - предназначенные для борьбы с бактериями; салфетки с антибактериальным эффектом - имеющие, возможно, дополнительный эффект в виде борьбы с бактериями (т. е. это не их основное назначение).
Грамматически фраза Ты имеешь салфетки? верна, но в живой речи так, конечно же, не говорят, говорят У тебя есть салфетки? Это вопрос стилистики. Употребление глагола иметь в знач. 'владеть на правах собственности' – признак официально-деловой, бюрюкратической речи. Например, в анкете уместно «Имеете ли вы...», в заявлении: «Я, такой-то, имею дом в деревне...». В обиходной устной и письменной речи конструкция «кто-либо имеет что-либо» вместо «у кого-либо есть что-либо» выглядит абсолютно чужеродной.