Аббревиатура ФОТ (фонд оплаты труда) не склоняется.
Как такового механизма "признания аббревиатур" не существует. Если аббревиатура становится употребительной, то ее можно считать и общезначимой. В официальных документах аббревиатуры нужно расшифровывать при первом упоминании.
Эту аббревиатуру нужно склонять.