Верно: в городе Уфе.
Правильно: г. Уфы.
Правильно: в Уфе и (в канцелярской речи): в городе Уфе, в г. Уфе.
Название города следует склонять. Подробнее см. в «Письмовнике».
Корректно: закапать (лекарство) в нос, в глаза...
Предпочтительный вариант: сборная Уфы. В канцелярской речи: сборная г. Уфы.
См. третий из наших «горячих вопросов».