Верно: в городе Туле, в г. Туле. См. «Письмовник».
Лучше: гамма оттенков туши.
Правильно: к станции Тула.
Правильно: на реке Туре. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Будет уместным раздельное написание во всех трех случаях (при подчеркивании отрицания).