Форма самоё — это форма винительного падежа единственного числа от местоимения сама. Старое самоё — это современное саму, что в данном случае явно не подходит. В тексте же представлена форма местоимения самый в устаревшем ныне употреблении, близком употреблению современного сам. Ср. в той же книге: …да и самый факт возможного убийства Чумаковой ничем не подтверждался…
В данном предложении запятая перед чтобы не нужна. Запятая поставлена перед составным подчинительным союзом вместо того чтобы: Сотрудники спрятали найденные на кладбище три трупа, вместо того чтобы зарегистрировать их.
Запятая нужна: она поставлена перед придаточной частью сложноподчиненного предложения.
Использование предлога на в этом случае невозможно: он меняет смысл предложения.