Выбор местоимения зависит от контекста.
Кавычки уместны (например, написание в кавычках в этом значении – «тройка» – предложено в справочнике Д. Э. Розенталя «Прописная или строчная?»). Но окончательное решение – за автором текста.
Слово двойник в данном случае следует склонять как неоодушевленное существительное: компания структурировала данные и получила цифровой двойник объекта недвижимости.
Форма мн. ч. этого слова существует.
В «Морфемно-орфографическом словаре русского языка» А. Н. Тихонова (М., 1996) в слове родник корень -род- не выделяется, корнем считается все слово. Однако этимологически слова род, родить, родник связаны. Существительное родник исторически образовалось от родный 'рождающий'. Родник мыслился как источник, рождающий реку.
