Корректно: трое детских яслей-садов.
Правильно: Три сотрудницы ушли в декрет. Собирательные числительные (двое, трое, четверо...) в литературном языке не употребляются со словами, называющими лиц женского пола.
Сочетание трое сестер недопустимо: собирательные числительные не употребляются с существительными, называющими лиц женского пола. Правильно: три сестры.
Корректны оба варианта.
При этом Д. Э. Розенталь пишет, что при числительных двое, трое, четверо глагол-сказуемое со значением действия (не состояния) обычно употребляется в форме множественного числа: Двое рабочих в белых фартуках копались около дома (Чехов).
Порядок слов не влияет на выбор формы сказуемого.
Дефис ставится для выделения приложения: трое друзей-метростроевцев.