Названные Вами сочетания могут быть написаны без кавычек.
Верно: 10-томный сборник; десятитомный сборник.
Запятая не требуется.
Следует либо поставить еще одну запятую, либо одну убрать. Возможные варианты: Важно помнить, что, несмотря на свои потенциальные полезные свойства, темный шоколад содержит... и Важно помнить, что несмотря на свои потенциальные полезные свойства темный шоколад содержит...