Слово тогда, наряду с то и так, может выступать коррелятом условных союзов типа если (см. § 3002 и § 3011 «Русской грамматики» 1980 г.). Соответственно, пунктуация при двойном союзе если... тогда такая же, как при двойном союзе если... то...
Деепричастный оборот нужно обособить, Вы расставили знаки препинания правильно.
Вводное слово, стоящее в начале второй части сложного предложения, не отделяется запятой от этой части: Пациенты сами могут сделать многое для своего выздоровления, в частности они для этого должны делать то, то и это.