Пунктуация зависит от смысла. Если имеется в виду Ему в качестве руководителя многое сходило с рук, то запятые не нужны.
Если у оборота с как есть значение причины (Поскольку он был руководителем, ему многое сходило с рук), запятые нужны: Ему, как руководителю, многое сходило с рук.
Запятая нужна.
Союзом с быть не может. Согласно «Словарю наречий и служебных слов русского языка» В. В. Бурцевой (М., 2005), с рук – наречие. Оно образовано из предложно-падежной формы (предлог с и существительное рук).