Запятая перед с которого нужна.
Правильно: вызовы, вызовов.
Корректно: ...для предоставления документов в визовый отдел.
Если подразумевается общий признак транспортных средств, то корректна форма единственного числа: автомобили и автобусы с каркасным кузовом. Если же имеется в виду, что у каждого транспортного средства свой каркасный кузов, то это подчеркнет форма множественного числа: автомобили и автобусы с каркасными кузовами.
Запятую не нужно ставить, поскольку две части сложносочиненного предложения объединены вопросительной интонацией.
Запятая нужна: союзное слово что присоединяет придаточное изъяснительное предложение. Обратите внимание, что слово природа заключать в кавычки не требуется: Рассматривая тему «Философия природы в эпоху экологических вызовов современности», нужно определить, что такое природа.
