Если ударение в имени падает на я, то правильно: Суфие (с ударным е). В противном случае правильно: Суфии.
Да, необходимо раздельное написание, для того чтобы этот термин можно было отличить от причастия несущий.
София и Софья – это варианты одного имени (как Наталия и Наталья). Имена Соня, Фуфа могут быть "домашними" вариантами разных имен, в том числе имени Софья.
Корень - уда-. Суффиксы: -ч-, -лив-.