Нормативно произношение спи[рэ]я. См.: Каленчук М. Л., Касаткин Л. Л., Касаткина Р. Ф. Большой орфоэпический словарь русского языка. М., 2012.
Оба варианта верны.
Возможны оба варианта, употребительнее: не содержит спирта.
И мужская, и женская фамилия Спира склоняются: р. п. - Спиры, д. п. - Спире и т. д.