Форма коньми неправильна, конечно. У существительных в тв. падеже мн. числа стандартное окончание  — -ами(-ями), но у некоторых слов окончание нестандартное — (ь)ми.

Варианты окончания -ами(-ями) / -(ь)ми в древности принадлежали разным типам склонения имен существительных. Однако после унификации склонения существительных во мн. числе для всех слов нормативным стало окончание -ами(-ями). И лишь у нескольких слов в современном русском языке возможно окончание -(ь)ми. У слова дети форма детьми единственно возможная. В парах дверями – дверьми, лошадями – лошадьми, дочерями – дочерьми возможны оба варианта, причем более употребительно окончание -(ь)ми. У слова звери предпочтительным считается форма зверями; вариант зверьми рассматривается как устаревающий. Кроме этого, у слов кость и плеть при нормативных формах костями, плетями формы на -(ь)ми сохраняются в устойчивых сочетаниях лечь костьми, бить плетьми.

Верно: Они распоряжались сотнями миллионов рублей.

Правила здесь никакого нет. Аналогичный компонент измы уже оформился как самостоятельное слово, но раньше его писали (а иногда и сейчас пишут) в кавычках. Полагаем, что и онами лучше заключить в кавычки, убрав черточку.

Если цифр в числе пять и больше, то, как правило, используются пробелы, отделяющие по три цифры справа: 89 645, 4 028 880.

Да, есть.

Правильно: в сочетании с соками является отличной заменой быстрому питанию для школьников или студентов.

Такое слово не фиксируется словарями, в случае его употребления в литературе это слово нужно заключить в кавычки.

У Ивана Алексеевича Бунина так:

Вот капля, как шляпка гвоздя,
Упала – и, сотнями игол
Затоны прудов бороздя,
Сверкающий ливень запрыгал –
И сад зашумел от дождя.

В принципе, на месте обоих тире могли бы быть поставлены запятые (но автор предпочел тире как более сильный знак).