Приставка контр... пишется слитно, исключение составляет только слово контр-адмирал. Слово контроперация тоже надо писать слитно. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Оба варианта верны. Подробнее см. в «Письмовнике».
Корректно: повышать в должности.