Верно: в связи с принятым решением Наблюдательного совета и в связи с принятым Наблюдательным советом решением.
В этом предложении действительно не нужны знаки препинания. Сочетание тем не менее не является вводным.
Нет, запятые не нужны.
Запятая перед советуем нужна.
Если смысловой акцент падает на слова исходя из условий сделки (и они входят в состав сказуемого), запятая перед исходя не нужна.
Если акцент падает на слова советом директоров общества, то запятая перед исходя нужна.