Возможно два подхода к анализу структуры слова снежинка. Можно говорить о прямой словообразовательной связи слов снежинка и снег: снежинка — частичка снега. Так же связаны слова в парах крупинка — крупа, дождинка — дождь, пушинка — пух. На основании такого сопоставления во всех приведенных производных словах выделяется суффикс -инк- со значением 'частичка'. Два суффикса в снежинке может выделить тот, кто знает слово снежина 'снежинка большого размера'. Это слово есть в языке, академический орфографический словарь его фиксирует, но в речи оно встречается редко, носители языка часто воспринимают его как слово, возникшее в результате обратного словообразования (как когда-то от заимствованного зонтик (из голл. zondek) образовалось зонт). А. Н. Тихонов в «Словообразовательном словаре русского языка» показывает, что слово снежинка можно считать образованным и от снег, и от снежина.

Пунктуация вариативна. См. ответ на вопрос № 282603.

Выделение в слове снежинка двух суффиксов имеет некоторые основания. Слово снежина фиксируется словарями и встречается в художественной литературе (напр.: На ресницы садились снежины… А. Толстой, ...На стекле лежала уже тонкая прозрачная простынка снежин. М. Кучерская). Однако в активный словарь слово снежина не входит (в Национальном корпусе русского языка встретилось всего семь документов, в которых авторы употребили это слово), поэтому считать выделение суффикса -инк- ошибкой никак нельзя, тем более для четвероклассников. В сознании детей снежинка – это частичка снега, как пылинка – частичка пыли, соринка – частичка сора (мусора), ворсинка – ниточка ворса и т. п.  

Вы имеете  в виду ресурс «Орфографическое комментирование русского словаря»? В качестве проверочных слов здесь нередко даются слова исторически родственные, но в современном русском языке уже не являющиеся однокоренными. Главная задача этого ресурса — объяснить, почему слово пишется именно так, а не иначе. Ответ на этот вопрос часто можно дать, только обратившись к прошлому языка.

Слова снег и снегирь в современном русском языке не являются однокоренными, потому что сейчас между ними нет живой словообразовательной связи: значение слова снегирь нельзя объяснить через значение слова снег (в отличие, например, от слов снегопад, снеговик, снежинка).