"Морфемно-орфографический словарь" А. Н. Тихонова (М.: Школа-Пресс, 1996) выделяет в этом слове корень смирн-. С исторической точки зрения наречия смирно и глагол смирять родственны.
Ни одна из этих двух команд не является междометием.
Корректно без кавычек.
Правильно: Взводы, смирно!
Правильно: равняйсь.
Правильно без кавычек: по стойке смирно.