Правильно (и сейчас, и в 1999 году): пятибалльный. На стыке основы, оканчивающейся на две одинаковые согласные, и суффикса написание двойной согласной сохраняется. Кристальный — это исключение из правила.

Корректно: оператор "Или". 

Ваш вопрос касается традиций написания терминов, используемых в профессиональной речи. Сложившаяся практика полного и сокращенного написания терминов может свидетельствовать о том, что специалистам те или иные варианты записей представляются удобными и однозначными. В обсуждаемом случае важно и то, что каждый из трех терминов  предполагает особенный, отличающийся контекст, а значит, какая-либо путаница едва ли возможна.

Правильно без запятой: И главное, что это всё сделают за меня.

В то время как — составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «как»).

Если придаточная часть сложноподчиненного предложения стоит перед главной, запятая между частями союза в то время как обычно не ставится (постановка запятой допустима, но такое пунктуационное оформление считается устаревшим).

Таким образом, наличие запятой в первом предложении (из Чехова) связано с тем, что таковы были пунктуационные нормы прошлого. Не будет ошибкой написать это предложение и без запятой перед как.

Запятая не нужна: пояснительный оборот разные научные основания для орфографической кодификации обособляется вместе с вводным словом например.

Правильно: КД сдана. Сказуемое согласуется с существительным документация — главным словом в терминологическом сочетании, которое выполняет функцию подлежащего.

Возможность употребления этого эвфемизма зависит от стиля и жанра текста. Например, в художественном произведении такое слово может быть вполне уместным. 

Название района не склоняется в сочетании с родовым словом: депутат района Преображенское.

Вы правильно расставили знаки препинания.