Правильно: расчет пеней.
Первый вариант общеупотребительный, стилистически нейтральный; вариант пенье характерен для разговорной и поэтической речи.
Корректно: в городе Пензе.
Слово озера – обобщающее для ряда Верхит, Стерж, Вселуг, Пено и Волго.
Корректно: соус песто.
Все правильно.
Правильно: пензенцы (пензенец, пензенка) и пензяки (пензяк, пензячка).