Правильно раздельное написание.
Да, верно, слова не являются однокоренными.
Запятая не нужна ни перед и, ни перед да: Утреннюю тишину нарушали лишь всплески воды, скрип уключин да крики чаек и бакланов.
Запятую ставить не нужно.
Если сказуемое стоит в препозиции к однородным подлежащим, соединенным союзом и, то возможно употребление как формы множественного числа сказуемого, так и единственного. Множественное число подчеркивает множественность предметов.
Правильно: скрепя сердце – против воли, против своих убеждений, мужественно. Скрепя - то же, что скрепив. Оборот, вероятно, связан с движением хватания себя за сердце при сильном седцебиении от волнения, то есть буквально: "скрепить сердце чем-нибудь" . Скрепить в этом выражении имеет внутреннюю форму "сделать крепким".
Верно: "Скайп" и (в бытовом употреблении) скайп.