Если речь идет о сервере — то на него. Если речь идет о системе — то на нее.

Это действительно аналогичная ситуация. Согласно правилам координации, всё зависит от того, является  приложение и (или) определяемое словом или словосочетанием: страны-участницы, в компании-партнере, но страны — участницы БРИКС, в компании — партнере «Транснефти».

Правильно: таблица Менделеева.

Да, склоняется: система, разработанная оружейником С. Крнкой.

Можно вообразить позитивный сценарий — некая система счисления с большим показателем в основе получает распространение и становится востребованной у специалистов. Правда, возникает вопрос о том, будет ли удобно ее наименование, созданное по образцу прилагательных двоичный, десятеричный? Производные, образованные по модели «восьмерик — восьмеричный», все-таки не длинные слова (в отличие от потенциального производного стодвадцатисемеричная). Возможно, производные типа стодвадцатисемиричный станут общепринятыми. Но пока такого слова нет, лучше использовать понятное сочетание система счисления с основанием х.

Запятая между определениями ставится, если второе из них поясняет первое (между ними можно вставить союз то есть или а именно): новые, а именно пластиковые конструкторы. Если запятую не поставить, получится, что были старые пластиковые конструкторы, а потом появились новые пластиковые конструкторы.

Корректно: аукционный метод продажи недвижимости.

Нам представляется, что Вы предложили весьма удачное решение: система клинико-этиологической и анатомо-патофизиологической классификации. 

Спасибо за интерес к нашим публикациям! Действительно, существуют разные системы транслитерации, но нам было важно показать в статье сам принцип "перекодировки", а не описывать и тем более не продвигать какую-то конкретную его реализацию. Ссылку на нормы ИКАО (Международной организации гражданской авиации) мы привели в связи с конкретной сферой использования транслитерации — написанием имен и фамилий в загранпаспорте. На этом примере мы хотели показать житейскую проблему, с которой столкнулись многие люди из-за наличия разных вариантов транслитерации. Мы нигде не утверждали, что этот вариант — самый распространенный, самый правильный или соответствует ГОСТу.

Увы, это вопрос не к лингвистам, а к разработчикам автоматизированной системы тестов. Вероятно, проще всего не ставить знаки препинания в конце элементов перечня, но нужно понимать, что это будет нарушением норм оформления текста.