В определенном контексте такая пунктуация верна.
Такие аббревиатуры в строгой деловой письменной речи не склоняются.
См. https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/pismovnik/kak-pravilno-upotreblyat-abbreviatury
Оба варианта возможны. Слова, зависящие от глагольной формы с отрицанием, могут стоять в форме как родительного, так и винительного падежа, если в зависимости от глагола без отрицания они употребляются в винительном падеже: содержит сою, глутамат натрия – не содержит сои, глутамата натрия / не содержит сою, глутамат натрия.
Возможны оба варианта.
Эти слова различаются по значению: топ-сайты – это сайты, лучшие по какому-то признаку (занимающие первые строчки в рейтинге), а топ сайтов – сам рейтинг, список лучших сайтов.
Для запроса в интернете сочетания годятся, а в официально-деловом тексте употребляются иные фразы.
Верно: топ.