Правильно: В заседании принял участие директор центра доктор юридических наук, профессор В. Синан.
Правилен второй вариант.
Верно: избегать (чего?) Синей яхты.
О чернильной печати корректно: поставить печать. О сургучной: скрепить печатью, поставить оттиск печати.
Правильно: выпью (все) вино, выпью (немного, бокал) вина.
Вы справедливо отмечаете, что одушевленные существительные среднего рода встречаются. Почему эти существительные одушевленные? Это связано с их лексическим значением (т. е. соотнесенностью с "живой природой").
Корректно без предлога. Возможно также: сплав чего с чем.
Существуют разные оттенки сине-зеленого – с различным соотношением синего и зеленого.