Да, тоннель и туннель – тоже равноправные орфографические варианты.
Варианты тоннель и туннель полностью равноправны. Выбор за Вами.
Тоннель и туннель – равноправные орфографические варианты (т. е. это не разные слова, а разные варианты написания одного слова). В любом контексте возможно употребление любого из этих вариантов.
Наличие орфографических вариантов связано с историей слова: оно пришло к нам из английского языка, в котором словом tunnel был назван проход под Темзой, построенный французским инженером Брюнелем. В свою очередь английское tunnel, которое буквально означало 'дымоходная труба', восходит к французскому tonnelle – уменьш. от tonne 'бочка' (отсюда же, кстати, и слово тонна). В XVI веке слово tonnelle уже встречается во французских текстах в значении 'труба' (в частности, 'подземная труба'), развившимся, по-видимому, из значения 'бочка (лежащая на боку) без дна'.
В русском языке слово туннель (тоннель) известно с середины XIX века, при этом различное написание уже тогда фиксировалось словарями.
Варианты тоннель и туннель, наверно и наверное полностью равноправны.
Запятая нужна, она закрывает придаточную часть. Рекомендуем, однако, заменить тире на двоеточие, поскольку вторая часть бессоюзного сложного предложения называет причину того, что сказано в первой: Но и так было ясно, что поезд вот-вот въедет в туннель: склоны по обе стороны окна, покрытые сухой травой, надвигались всё ближе.
