Разница в том, что сидячий – прилагательное, а сидящий – причастие. Прилагательные обозначают постоянный признак предмета, причастия – временный. Ср.: сидячая работа (связанная с сидением, с пребыванием на одном месте, с недостаточной подвижностью – постоянный признак), сидячие животные (морские животные: губки, полипы, кораллы и т. п., ведущие малоподвижный или неподвижный образ жизни, – постоянный признак) – сидящий кот (сейчас, в эту минуту сидящий – временный признак).
Корректно: Могучий Дуб, Сидящий на Реке. В именах все слова, кроме служебных, следует писать с прописной буквы, дефисы ставить не следует, ср.: Петушок со Шпорами (герой сказок), Людвиг ван Бетховен, Леонардо да Винчи.
Второе тире следует поставить.
Фраза сидеть на парте означает, что человек воспользовался партой, словно табуреткой или стулом, для сидения на ней сверху. Сидеть за партой – это сидеть так, чтобы парта стояла перед сидящим, как положено сидеть ученику в классе с партами.
Да, это однокоренные слова с чередованием в корне.
В корне сед(сес)/сид(сиж) без ударения пишется е перед твердым д, пишется и перед мягким д, напр.: седок, сидеть.
И с к л ю ч е н и я: е перед мягким: седельник, седельце, чересседельник, седельный; и перед твердым: сидушка, высидка, высидной, высидочный.
П р и м е ч а н и е 1. Под ударением может быть и и, и е: сидя, сесть, присед.
П р и м е ч а н и е 2. У корня сед- есть омоним: сед-ой.
П р и м е ч а н и е 3. Полный корень сед(сес)/сид(сиж)/сяд(сад), вариант сяд- выступает только под ударением: сяду, присядка.
П р и м е р ы. Слова с корнем сид[д’]-: сидеть (и с приставками: высидеть, досидеть(ся), засидеть(ся), насидеть(ся), обсидеть, отсидеть(ся), пересидеть, посидеть, подсидеть, просидеть, рассидеться) и производные (сиделец, сиделка, сиденье, сидмя, сидячий, посиделки и т. п.). Слова с корнем сед-: восседать (и с другими приставками: заседать, наседать, оседать, приседать, проседать), седлать (и с приставками: переседлать, расседлать), дозаседаться, седалище, седалищный, седок, седло, заседатель, председатель.
Правильно: сидеть в кресле.
Лучше: сидеть за учебниками.
