Корректно: в «Инстаграме» и в инстаграме. По поводу сториз и сторис нормативной рекомендации нет.
Пока эти слова не зафиксированы в академическом орфографическом словаре, возможны оба варианта написания, однако формы рилс и сторис сегодня более употребительны.
Нет оснований писать это слово с большой буквы. По поводу сторис и сториз нормативной рекомендации нет.
Выбор предлога зависит от контекста, например: поехать в НПО, жалоба на НПО.
В том числе – союз. Отделяются или выделяются запятыми синтаксические конструкции, присоединяемые этим союзом. Сам по себе союз не выделяется запятыми. Подробные рекомендации см. в «Справочнике по пунктуации».