Правильно: Райнера Марии Рильке, Райнеру Марии Рильке и т. д.
Запятая не ставится.
Правильно: Мария, Марии, Марии, Марию, Марией, о Марии.
Запятая обязательна: Здравствуйте, Мария Семеновна!
Оба варианта возможны. Слова, зависящие от глагольной формы с отрицанием, могут стоять в форме как родительного, так и винительного падежа, если в зависимости от глагола без отрицания они употребляются в винительном падеже: содержит сою, глутамат натрия – не содержит сои, глутамата натрия / не содержит сою, глутамат натрия.
В подписи уместен женский род: заведующая сектором Мария Ивановна Сидорова. Мужской род – в строгой деловой речи, в официальных документах.
Верно с запятой.
Предпочтительно: государственный советник Мария Гайдар утверждала.