Вопрос касается части имени поэта, которая в русском языке воспринимается как фамилия. По правилам мужские и женские фамилии на -и не склоняются. Поэтому верно: поэту Рудаки, рубаи Рудаки.
Тот факт, что Рудаки также является географическим названием, в данном случае роли не играет.
Нет, это несклоняемое существительное.
Рубаи – несклоняемое существительное среднего рода. Как у любого несклоняемого слова, у существительного рубаи все 12 словоформ одинаковы. Примеры употребления этого слова: мое любимое рубаи Хайяма – «В этом мире любовь – украшенье людей...» (ед. число); наиболее известный автор рубаи – Омар Хайям (мн. число).