В «Морфемно-орфографическом словаре русского языка» А. Н. Тихонова (М., 1996) в слове родник корень -род- не выделяется, корнем считается все слово. Однако этимологически слова род, родить, родник связаны. Существительное родник исторически образовалось от родный 'рождающий'. Родник мыслился как источник, рождающий реку.

Следует руководствоваться правилами написания географических названий.

Здесь сравнительный оборот что родник без воды играет роль сказуемого, поэтому запятая не ставится.

Например, фонтан.

Да, конечно. Это основное значение предлога у.

Есть правило: деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который. Запятая ставится только один раз – перед деепричастием.

Последняя часть этой сложной синтаксической конструкции несет в себе дополнительную информацию и представляет собой присоединительное предложение в бессоюзном сложном предложении. В этом случае действительно ставится тире.