Запрета на такую пунктуацию нет, однако лучше: ООО "Радуга" (далее — Радуга), которая является аккредитованной компанией, открыла новый филиал в Москве.
Корректно: Центр досуга «Радуга» прежде всего дом для молодежи.
Есть две версии происхождения слова радуга: 1) переоформление слова райдуга, которое является сложением слов рай и дуга (ср. жар-птица); в таком случае радуга буквально 'пестрая дуга' (ср. диал. раек 'радужная оболочка глаза'); 2) производное от основы рад-.
Да, запятая ставится: Радуга, сияющая на небе, – настоящее чудо!