Стилистически нейтральный вариант: рапорты. Вариант рапорта разговорный.
Пожалуйста, воспользуйтесь окном «Искать на Грамоте» (а именно толково-словообразовательным словарём).
Форма рапорта не является просторечной. Словари признают этот вариант допустимым, его употребление не является нарушением нормы литературного языка.
Запятые в этом предложении не нужны.
Правильно: о не совсем благочинных... Следует отметить, что слово благочинный сопровождается в словарях пометой устар. (устаревшее), в современной официально-деловой речи его употребление вряд ли оправданно.
Все эти варианты пунктуационного оформления возможны.