Названия букв латинского алфавита (икс, игрек, зет и т. д.), греческого алфавита и других алфавитов склоняются в русском языке. Рекомендация не склонять такие названия в составе формул может быть обусловлена необходимостью точного и однозначного прочтения формулы. Полагаем, что в таких контекстных условиях несклонение возможно (но не обязательно!).

Верно: разность забитых и пропущенных мячей, разница между забитыми и пропущенными мячами.

Слово похожесть есть в русском языке. Правильно раздельное написание (т. к. есть противопоставление): не похожесть, а разность.

Возможны оба варианта. Но чаще, если сказуемое предшествует однородным подлежащим, употребляется форма единственного числа: На устройстве вычисляется сумма и разность.

Эти слова не однокоренные, но родственные: деревянный - исконно русское слово; древесный - славянизм (слово из церковнославянского языка).