Название этой компании надо склонять. Работает в Яндекс – это как живет в Москва.
Правильно с кавычками: поисковая система "Яндекс".
В строгой литературной речи предпочтительнее использовать первый вариант: по данным портала (сервиса) «Яндекс.Пробки». Второй вариант является новым, поэтому его употребление еще не устоялось. В разговорной речи допустимо сочетание по данным «Яндекс.Пробок».
Употребление пока не устоялось, можно найти доводы в пользу обоих вариантов.
Как название проекта - в кавычках: «Яндекс.Метрика».
Если это название употребляется без родового слова (например, сервис), то обычно склоняется только вторая часть (деньги).
Правилам соответствуют такие варианты: Наш подписной индекс 23786; Наш подписной индекс – 23786.
Следует употребить форму множественного числа, так как здесь несколько подлежащих (несколько объектов: показатель, индекс и параметр): Определены показатель 1, индекс 2, параметр 3.